Самое древнее упоминание о существовании церкви Иоанна Предтечи в Вологде, относится к 1618 году. Во время грозы, произошедшей 26 мая 1698 года, деревянная церковь полностью сгорела, а колокольня, находившаяся рядом, из-за близости к горящей церкви была срублена. Закладка каменного храма во имя пророка Иоанна с приделом в честь святителя Алексия, митрополита Московского, состоялась 23 мая 1710 года, однако когда церковь была закончена и освящена, точно не известно.

Фрески в церкви датируют согласно сохранившемуся на южной стене фрагменту надписи 1717 годом. Предполагается, что автором фресок был Федор Игнатьев.

В 1924 году церковь Иоанна Предтечи была закрыта для богослужения и передана Вологодскому музею. Храм входил в число наиболее ценных памятников города, что позволило сохранить уникальные росписи.

В наши дни церковь Иоанна Предтечи включена в состав памятников, находящихся под охраной государства.

Адрес: Россия, Вологда, находится в детском саду им. Пушкина.