Мемориальный музей «Следственная тюрьма НКВД» в Томске является одним из структурных подразделений ТОКМ. Это абсолютно уникальный и единственный в своем роде на территории России и в мире Музей НКВД. Огромный интерес он представляет не только для обычных туристов, но и среди представителей власти, журналистов, и общественности. Выставочный зал музея находится в подвальном помещении здания по проспекту Ленина 44. В нем с 1923 по 1944 годы находилась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ–НКВД. Вся примыкающая к зданию территория служила внутренним двором тюрьмы. Сейчас на этом месте находится Сквер Памяти. В нем в 2004 году были установлены памятники жертвам политических репрессий на Земли Томской. Сегодня музей и сквер представляют собой единый историко-архитектурный мемориальный комплекс. Постоянная экспозиция музея представляет собой реконструированный тюремный коридор и камеру для подследственных заключенных. Рядом находится полностью оригинальный интерьер кабинета следователя.

Четыре главных зала музея расположены в бывших камерах заключенных. В них находятся тематические экспозиции «Хроника репрессий на Томской земле», «Большой террор», «Расстрельный крест», «Белостокская трагедия», «ЧСИРы», «Их трагические судьбы», «Судьба священника», «Колпашевский яр» и «ГУЛАГ и спецпересенцы Нарымского края». Интересен тот факт, что все выставленные документы являются подленниками или копиями следственных дел, оригиналы которых хранятся в архивах музея. Здесь можно увидеть оригинальные документы, фотоальбомы, а так же вышивки, картины, рисунки, игральные карты, поделки из дерева и камня, изготовленные в лагерях и ссылках. Недавно при музее была организована библиотека с фото и видео архивом, которые постоянно пополняются новыми материалами. В ней можно познакомиться с открытым электронным банком данных почти на 200 тысяч человек, которые прошли за годы Советской власти через горнило «чрезвычаек» и троек, раскулачивания и массовых депортаций народов.

Адрес: г. Томск, пр. Ленина, 44